In de hersenstam wordt alle informatie uit het lichaam opgevangen en doorgegeven aan andere delen van de hersenen. Informatie kan komen uit het hele lichaam: chemische prikkels vanuit de organen, mechanische prikkels over de houding en positie van het lichaam uit het bekkengebied, de wervelkolom en de ledematen. Thermische prikkels komen vanuit de huid, en ga zo maar door. Soms werkt dit samen, waardoor het des te ingewikkelder is om te achterhalen op welke prikkel(s) jij reageert. Je overgevoeligheid is waarschijnlijk erfelijk bepaald maar je prikkeldrempel kan ook tijdelijk lager zijn door omstandigheden. Het werkingsmechanisme van migraine is helaas nog niet volledig duidelijk, het blijft gissen.
Triggers blijken de menstruatieperiode, ontregeling van de biologische klok (jetlag) en vermoedelijk extreme vermoeidheid of ontspanning na hevige stress. Voeding wordt wel genoemd als oorzaak van migraine, maar mogelijk hangt dit anders samen. Door de stress die een aankomende aanval oproept, kunnen mensen ook onbewust andere voeding pakken. Dit geldt ook voor spanning in de nek. Deze kan ook opbouwen als gevolg van de stress in de eerste fase van de aanval. Een behandeling van de nek kan mogelijk wel de klachten verminderen, maar de aanval kan niet worden voorkomen. De migraine is dan wel beter te verdragen. Verder onderzoek zal hoe dan ook nog veel moeten uitwijzen.